Stúdentshúfa og verslunarstörf

Jón var elstur þriggja systkina, en hin voru Jens og Margrét. Tæplega 18 ára gamall fór Jón úr foreldrahúsum til Reykjavíkur, þar sem hann tók stúdentspróf með afburðalofi, en faðir hans hafði kennt honum þann skólalærdóm sem til þurfti. Í Reykjavík stundaði Jón verslunarstörf hjá föðurbróður sínum, Einari Jónssyni faktor, um hríð. Þar kynntist hann konuefni sínu, Ingibjörgu, dóttur Einars.

Í biskupsgarði

Vorið 1830 gerðist Jón skrifari hjá Steingrími biskupi Jónssyni í Laugarnesi og var hann í vist hjá honum í þrjú ár. Ljóst er að dvöl hans hjá biskupi hafði mikil áhrif á allt lífsstarf hans síðar. Áhugi Jóns á íslenskum fræðum og öllu því sem íslenskt var, sem hann hafði fengið í æsku, blómgaðist í biskupsgarði. Þar hafði hann aðgang að stóru bókasafni og mesta safni íslenskra handrita og skjala sem þá var til í landinu. Launin hjá biskupi lagði hann fyrir.