Háskólanám og aukastörf
Eftir þriggja ára dvöl hjá biskupi sigldi Jón til Kaupmannahafnar og innritaðist til náms í málfræði og sögu við háskólann þar og þurfti hann að sjá fyrir sér sjálfur. Hann lauk aldrei embættisprófi. Fljótlega eftir að Jón kom til náms í Kaupmannahöfn hlóðust á hann alls konar aukastörf, enda var hann mjög eftirsóttur til starfa vegna hæfileika sinna. Áhugi hans á íslenskum þjóðmálum jókst einnig mjög um þetta leyti.
Greiðvikinn og bóngóður
Það orð fór af Jóni í Kaupmannahöfn að hann væri hirðumaður mikill og nákvæmur um fjármál. Snemma varð hann greiðvikinn og bóngóður. Hann var færastur jafnaldra sinna að afla sér fjár, enda leituðu þeir oft til hans þegar þeir voru „blankir“ og mun Jón oftast hafa kunnað einhver úrræði.
Árnasafn
Tveimur árum eftir komu sína til Kaupmannahafnar tengdist Jón Árnasafni þar sem andlegur þjóðarauður Íslendinga, handritin, var geymdur. Átti hann eftir að starfa þar meira og minna alla tíð síðan, enda varð hann með tímanum helsti sérfræðingur í íslensku handritunum á 19. öld. Auk starfa við Árnasafn vann Jón geysimikið fyrir ýmsa aðila á sviði íslenskra fræða, en þau urðu ævistarf hans utan stjórnmálanna. Aldrei hafði hann þó að föstu starfi að hverfa.
12 ára útivist
Frá 1833 til 1845 bjó Jón Sigurðsson í Kaupmannahöfn við nám og störf. Hann kom ekki til Íslands allan þann tíma. En unnusta hans sat heima í festum.